Живые бактерии обеспечивают протекание реакции окисления аммиака за счет своей собственной энергии. В конечном итоге в воде появляется нитрит, который подпитывает эти бактерии.
Биологическая фильтрация служит для удаления из воды растворенных органических соединений и азотсодержащих продуктов обмена веществ обитателей аквариума. Эти процессы осуществляются поселяющимися на субстрате биологического фильтра бактериями. В новом биофильтре бактериальная флора развивается довольно медленно, и лишь через 1,5-2 месяца он начинает эффективно работать. Для ускорения запуска биофильтрации выпускаются специальные препараты, содержащие культуры нужных бактерий.