Принцип работы флотатора основан на том, чтобы выпускать пузырьки озона, и, захватывая ими мелкие частицы, выносить их на поверхность. Таким образом образуется пена. Данный способ эффективен именно тогда, когда речь идёт об очистке морской воды, и удаляет различные жиры, смолы и взвеси.
Пена с мусором отделяется в съёмный пеносборник. Когда речь идёт о внешнем скиммере, то его основный корпус располагается вне аквариума, и устройство втягивает воду внутрь само. С помощью регулятора можно настраивать силу флотации и подачи пузырьков через распылитель. Для более тщательной очистки применяются пеноотделители сложных конструкций, которые воздействуют на быстро текущую воду или же направляют воду вниз, чтобы пузырьки поднимались против течения. Именно так увеличивается время подъёма каждого пузырька к поверхности.